L'histoire de Final Fantasy VIII s'ouvre sur un duel entre Squall Leonhart et son rival Seifer Almasy, lors d'une séance d'entraînement à l'extérieur d'une académie militaire appelée "Garden". Durant le combat, les deux étudiants se scarifient l'un l’autre le visage et rentrent au Garden pour se faire soigner
. Pendant ce temps là, Galbadia, présidé par Vinzer Deling, envahit Dollet, forçant Dollet à engager le SeeD de la Balamb Garden University (aussi appelée "B.G.U.") — les forces d'élite du Garden — comme aide.
Le SeeD utilise cette mission comme examen pour leurs étudiants éligibles, et avec l'aide de son instructeur, Quistis Trepe, Squall passe sa première épreuve.
Alors que le SeeD se prépare pour l'assaut, Squall est assigné à une équipe d'attaque avec Zell Dincht et Seifer.
A Dollet, Seifer abandonne l'équipe à mi-chemin, obligeant Selphie Tilmitt à rejoindre Squall et Zell pour la fin de la mission.
Après que le joueur ait fini la mission, le SeeD arrête l'avancée de Galbadia, Squall, Zell et Selphie accède au statut de SeeD, et Seifer est recalé pour avoir agi indépendamment.
Peu après être monté en grade, Squall rencontre une jeune femme nommée "Rinoa Heartilly", dont l'attitude et l'approche envers la vie sont apparemment à l'opposé des siennes.
Le SeeD lui confie alors sa première mission: aider cette jeune femme dans sa résistance contre Galbadia, avec l'aide de Zell et de Selphie. Squall y apprend alors qu'une sorcière nommée "Edea" est le cerveau derrière les attaques de Galbadia. Edea tue bientôt Deling et Galbadia devient une dictature impériale.
Sous les ordres de la Galbadia Garden University et de la B.G.U., Squall et son équipe — à présent rejoints par Quistis et le tireur d'élite de Galbadia, Irvine Kinneas — essaient d'assassiner la sorcière. Malgré une exécution presque parfaite du plan — mis au point par Général Caraway, père de Rinoa et général de l'armée galbadienne — c'est une défaite et l'équipe est emprisonnée. Squall apprend que Seifer a quitté la B.G.U. pour devenir le second d'Edea.
Après s'être évadée, l'équipe se sépare en deux groupes, tout les deux contrôlés par le joueur dans deux scénarios différents.
Le groupe de Squall stoppe un conflit interne à la B.G.U. incité par Norg , le financière du SeeD, alors que celui de Selphie ne parvient pas à empêcher le lancement des missiles de Galbadia sur Balamb et Trabia Garden. Cette attaque oblige Squall à transformer la B.G.U. en forteresse mobile pour l'éviter, mais elle est difficilement contrôlable et s'écrase sur les docks de Fisherman's Horizon au milieu de l'océan. Alors que Squall négocie avec le maire de la ville, Galbadia l'envahit à la recherche d'une femme nommée "Ellone", qui est restée à la B.G.U. jusqu'à récemment.
Tout au long du jeu, Ellone envoie Squall et ses alliés dans une série de flashbacks dix sept ans auparavant. Ces flashbacks se concentrent sur un homme nommé "Laguna" et ses deux amis, Kiros et Ward. Laguna, après avoir été soldat galbadien, devient le défenseur auto proclamé d'un petit village de campagne, puis le président de Esthar, une superpuissance technologique.
Pendant ce temps, Squall se remet en question et tente de résoudre des conflits personnels et Cid, le directeur de la B.G.U., le nomme nouveau leader des SeeD, et son amour pour Linoa grandit. Squall lutte contre ce dernier sentiment et essaye comme auparavant de bloquer son affection par peur de devenir vulnérable.
Alors qu'Edea et Seifer continue de parcourir le monde à la recherche de Ellone, la situation devient plus compliquée plus tard lors d'une visite dans les ruines du Trabia Garden. Squall et ses camarades apprennent que — à l'exception de Rinoa — ils furent élevés tous ensemble avec Seifer et Ellone dans un orphelinat dirigé par Edea, et développèrent par la suite une amnésie à cause de leur utilisation des Guardian Forces. En outre, ils apprennent aussi que Edea est la femme de Cid, qui ont créé tout les deux les Garden et le SeeD afin de combattre les sorcières démoniaques.
Plus tard, toutes les forces de la B.G.U. et de l'armée galbadienne (utilisant le Galbadia Garden à présent mobile), dirigées respectivement par Squall et Seifer, s'engagent dans le conflit. Après que Balamb ait battu Galbadia, le joueur apprend que Edea est seulement un outil d'une sorcière plus puissante nommée "Ultimecia", qui vit dans le futur et souhaite compresser tout les temps en un seul moment. Cela lui donnerait le pouvoir de toutes les sorcières ayant existé, et c'est pour cette raison qu'elle recherche Ellone. Une bataille contre Edea oblige Ultimecia à transférer ses pouvoirs à Linoa, laissant en vie Edea, mais fait tomber Linoa dans un profond coma. Squall devient alors obsédé par son réveil et demande de l'aide à Dr. Odine, un scientifique reconnu vivant à Esthar. Cependant, lorsque Rinoa se fait soignée dans la station spatiale d'Esthar, Ultimecia l'utilise pour libérer Adel, une sorcière emprisonnée responsable de la guerre qui s'est déroulée dix sept ans auparavant. Ultimecia ordonne ensuite à Seifer de réactiver le Lunatic Pandora d'Esthar, créant ainsi une pluie de monstres venus de la lune appelée la "Larme Sélénite". Celle ci rapporte la cellule d'Adel de l'espace à la planète, laissant Esthar se faire attaquer par des centaines de monstres.
Ayant choisi Adel comme dernier hote, Ultimecia abandonne Linoa dans le vide de l'espace. Squall la sauve mais ils échouent sur un vaisseau spatial abandonné. Ils l'utilisent pour retourner sur la planète et se font approchés par une délégation d'Esthar qui l'enferment par peur de ses dons de sorcière. Squall et ses compagnons sauvent Linoa et rencontre finalement Laguna, se révélant être le père adoptif de Ellone. Un plan est conçu avec le DR. Odine afin de laisser Ultimecia se servir de Ellone pour comprimer le temps, ce qui permettra au groupe de l'affronter dans sa propre époque. Lorsque la Compression Temporelle débute, Squall est forcé de se battre contre Seifer une fois encore et tue Adel avant qu'elle ne parvienne à assimiler Linoa. Utilisant le lien d'amitié qui les unissent comme lien avec la réalité, Squall et ses amis s'immunisent eux même contre les effets de la Compression Temporelle, voyagent jusqu'à l'époque d'Ultimecia et la batte.
Ultimecia battue, l'univers commence à redevenir normal, et Squall est presque perdu dans les flux du temps et il est témoin des origines de toute l'histoire. Lorsqu'une Ultimecia mourante remonte le temps pour offrir ses pouvoirs à Edea treize ans dans le passé de Squall, il informe Edea des concepts de Garden et du SeeD qu'elle créera. Après quoi, il est transporté encore plus loin dans le temps et il est incapable de retrouver son chemin vers son présent jusqu'à ce qu'il soit sauvé par Linoa. A la fin du jeu, le SeeD organise un banquet pour célébrer leur victoire, et Squall embrasse Linoa en souriant pour la première fois du jeu.
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Sam 30 Déc - 12:26
